数社から給与の支払いを受けている場合、扶養控除等申告書は主たる給与等の支払者にしか提出できないため、年末調整はそのうち一か所でしか受けることができない。
第百九十四条 国内において給与等の支払を受ける居住者は、その給与等の支払者（その支払者が二以上ある場合には、主たる給与等の支払者）から毎年最初に給与等の支払を受ける日の前日までに、次に掲げる事項を記載した申告書を、当該給与等の支払者を経由して、その給与等に係る所得税の第十七条（源泉徴収に係る所得税の納税地）の規定による納税地（第十八条第二項（納税地の指定）の規定による指定があつた場合には、その指定をされた納税地。以下この節において同じ。）の所轄税務署長に提出しなければならない。
したがって、数社から給与の支払いを受けている場合は、年末調整を受けた給与と、年末調整を受けていない給与（いわゆる乙欄）を合算して確定申告を行わなければならない。ただし、年末調整を受けない給与所得とその年分の給与所得と退職所得以外の所得金額との合計額が20万円以下の場合は確定申告を要しない。
なお、主たる給与から扶養控除等が控除しきれないと見込まれるときは、従たる給与の支払者に「従たる給与についての扶養控除等の申告書」を提出することにより、源泉所得税について配偶者控除や扶養控除を受けることができる。
