年末調整で給与所得者に過納額を還付する場合、還付相当額を以後納付する源泉徴収税額から控除することになるが、所法204条1項1号（原稿料や講演料など）の報酬の源泉所得税からは控除することはできない。
国税庁タックスアンサー No.2675 年末調整の過不足額の精算
所令312条
法第百九十一条 （過納額の還付）の規定により還付をする場合には、その還付をすべき金額に相当する金額は、同条 に規定する給与等の支払者が法第百八十三条 （源泉徴収義務）、第百九十条（年末調整）、第百九十二条（不足額の徴収）、第百九十九条（退職所得に係る源泉徴収義務）、第二百四条第一項第二号（報酬、料金等に係る源泉徴収義務）又は第二百十六条（源泉徴収に係る所得税の納期の特例）の規定により納付すべき金額から控除する。
控除できるのは給与所得、退職所得、税理士等の報酬に係る源泉徴収税額に限れるので、例えば配当や税理士等の報酬以外の報酬（納期の特例の対象外の報酬）からは控除できない。
源泉所得税の納付書兼所得税徴収高計算書の様式について（事務運営指針）
※上記のリンク先の様式の別紙3又は別紙4の「給与所得・退職所得の所得税徴収高計算書」からのみ控除可
